Tránsito Amaguaña nació en Pesillo, cerca de Cayambe al norte de Quito. Según sus biógrafos nació en el año 1909, pero la dirigente aseguraba que aunque no podía comprobarlo fue en 1903, es decir hace 106 años. De niña conoció el duro trabajo de sus padres en la hacienda del patrón, donde conoció el dolor del Huasipungo, donde a golpes eran obligados a trabajar hombres y mujeres toda la semana. Por ello, su rebeldía y su empeño por acabar con ello.
 
Supo de la necesidad de tierra para plantar y quiso conquistarla; pronto entendió que la unión  de los indígenas sería la fuerza de su raza y surgieron los primeros sindicatos agrarios del Ecuador. En 1931 participó en la creación de estas organizaciones agrícolas en el país en 1931, en la primera huelga de trabajadores agrícolas en Olmedo y en la fundación de la Federación Ecuatoriana de Indios en 1944, junto a Nela Martínez y Dolores Cacuango.

Aunque a los 14 años la obligaron a casarse con un hombre mayor que ella,  el matrimonio duró poco, porque su marido no quería unirse a la lucha de los indígenas.  Tránsito Amaguaña aprendió a leer y a escribir en sus viajes a Cuba, porque en el país estaba prohibida la educación para los indígenas a mediados del siglo pasado.

Entre sus viajes, Amaguaña fue detenida cuando regresó de la  Unión Soviética porque la acusaron de tráfico de armas rusas. También era cuestionada por asistir a las reuniones del naciente partido comunista y participaba activamente en protestas. Además logró que se devolvieran los huasipungos a sus verdaderos dueños, los indígenas que trabajaron por años en esas tierras sin una paga.